Seler gilt als Begründer der deutschen Altmexikanistik und Altamerikanistik und befasste er sich hauptsächlich mit altindianischen Schriften, Religionen und Mythen. Er publizierte u.a. Die ersten Menschen und die prähistorischen Zeiten: mit besonderer Berücksichtigung der Ureinwohner Amerikas (1848); Das Konjugationssystem der Mayasprache (1887); Altamerikanische Studie (1890); Peruanische Alterthümer, insbesondere altperuanische Gefässe, und Gefässe der Chibcha und der Tolima- und Cauca-Stämme, Goldschmuck etc. (1993); Gesammelte Abhandlungen zur Altamerikanischen Sprach- und Altertumskunde (8 Bde., 1902-23).