Nitzsch publizierte u.a.: De evangeliorum apacryphonrm in explicandis canonicis usu et abusu (Dissertation 1809); De testamentis duodecim patr:archorum, fibro Veteris Testamenti? pseudepigraphologische (Habilitationsschrift 1810); Theologische Studien, Erster Teil (1816); Theologisches Votum über die neue Hofkirchenagende und deren weitere Einführung (1824); Philipp Melanchthon (1855); Die Religion als bewegende und ordnende Macht der Weltgeschichte (1855); Über Lavater und über Gellert (1857); Über die christliche Glaubenslehre für Studierende aller Fakultäten? Akademische Vorträge herausgegeben von E. Walther (1858); Predigten aus der Amtsführung in Bonn u. Berlin, Neue Gesamt-Ausgabe (1867); Geschichtliche Abhandlungen (2 Bde., 1870).