Panofka publizierte u.a.: De rebus Samiorum (1822); Museo Bartoldiano (1827); Neapels Antiken (1828); Musée Blacas (830-33, 4 Lfgn.); Cabinet du comte de Pourtalès-Gorgier (1834); Bilder antiken Lebens (1843); Griechinnen und Griechen, nach Antiken skizziert (1844). Zu den Abhandlungen der Akademie steuerte er unter andern bei: Zeus und Ägina (1837); Argos Panoptes (1837); Terrakotten des königlichen Museums zu Berlin (1841-42); Die Heilgötter der Griechen (1843); Asklepios und die Asklepiaden (1846); Die griechischen Trinkhörner (1850); Parodien und Karikaturen auf Werken der klassischen Kunst (1851); Zufluchtsgottheiten (1854); Dichterstellen und Bildwerke in ihren wechselseitigen Beziehungen (1856).