Als KIrchenhistoriker erforschte Piper das Kalenderwesen und die (früh-)christlichen Kunst, deren Hervorbringungen er als bedeutsame Quellen für die KIrchengeschtsschreibung begriff. Zu Demonstrationszwecken in Lehrveranstaltungen legt er seit ca. 1845 eine umfangreiche Sammlung mit solchen Kunstwerken an, woraus das "Christliche Museum" entstand, aus dem wiederum die Frühchristlche-Byzantynische Sammlung im heutigen Bode-Museum und die Sammlung des christlich-archäologischen Instituts an der Theologischen Fakultät der Friedrich-Wilhelms-Universität hervorgingen. Letzteres wurde 1849 gegründet bis 1889 von Piper als Extraordinarius geleitet. Als Hauptwer Pipers gilt Mythologie und Symbolik der Kunst der ältesten Zeit bis ins 16. Jahrhundert (1847-51).