1883 fand in Berlin eine Hygiene-Ausstellung statt, die großes Interesse fand und das Kultusministerium dazu veranlasste, ein hygienisches Laboratorium und ein Hygiene-Museum zu planen, welches daraufhin am 1. Juli 1885 gegründet wurde. Zuvor war an der medizinischen Fakultät eine Professur für Hygiene eingerichtet worden, die zum 1. April 1885 dem Bakteriologen Robert Koch (1843-1910) übertragen wurde. Dieser wurde auch mit der Leitung des Museums beauftragt. Das Institut bezog zunächst die Räume der alten Gewerbeakademie in der Klosterstraße 32-36, wo 1887 das Hygiene-Museum eröffnet werden konnte. Den Grundstock des Bestandes bildeten zahlreiche Exponate der Hygiene-Ausstellung von 1883. 1891 gab Robert Koch die Leitung des Hygiene-Institutes auf, um das neugegründete Institut für Infektionskrankheiten zu übernehmen. Nachfolger Kochs war der Physiologe Max Rubner (1854-1932). In den Jahren 1904 und 1905 wurde ein neues Gebäude in der Hessischen Straße 3/4 bezogen. Die vor dem Umzug verringerten hygienischen Schausammlungen fanden im dritten Obergeschoss und im Dachgeschoss Platz. Der Begriff "Hygienemuseum" taucht danach nicht wieder auf. 1909 zog die Physiologie in die Räumlichkeiten des neu erbauten Hygiene-Instituts und dieses in die alten Räume des Physiologischen Instituts in der Dorotheenstraße 35. Das Gebäude wurde im Zweiten Weltkrieg zerstört.