Mit der Gründung der Berliner Bergakademie begann der Mineraloge Carl Abraham Gerhard (1738-1821) seine Vorlesungen über Mineralogie, Botanik, Chemie, Physik und Mathematik und stellte seine private Sammlung von Mineralien, Tier- und Pflanzenfossilien als Anschauungsmaterial zur Verfügung. Mit dieser Einrichtung entstand eine sammlungsbezogene Lehr- und Forschungstätigkeit.

Gründung der "Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin" auf Initiative des Naturforschers Friedrich Heinrich Wilhelm Martini (1729-1778).

Carl Abraham Gerhards Sammlung wurde von der Bergakademie angekauft.

Der Mineraloge Dietrich Ludwig Gustav Karsten (1768-1810) schenkte dem Staat seine private Mineraliensammlung, die der Bergakademie zur Verfügung stand.

Karsten wurde als Lehrer der Mineralogie und Bergwissenschaften an der Bergakademie sowie als Betreuer der Mineraliensammlung eingesetzt.

Gerhards Sammlung erhielt die Bezeichnung "Königliches Mineralienkabinett" und wurde in der alten Münze am Werderschen Markt untergebracht.

Zar Alexander I. schenkte dem preußischen Staat die "alte russische Mineraliensammlung", worunter sich ein Olivin-Eisen-Meteorit befand.

Bei der Gründung der Berliner Universität, seit 1828 Friedrich-Wilhelms-Universität, wurde das Königliche Mineralienkabinett von dieser übernommen. Gleichzeitig wurde ein zoologisches Museum an der Universität errichtet. Es erfolgte zu diesem Zweck die Überführung der im Schloss aufbewahrten "akademischen zoologischen Sammlung" und des "anatomischen Kabinetts" der Akademie der Wissenschaften in die Universität und deren Aufstellung im zweiten Stock des Ostflügels.

Die Betreuung der Mineraliensammlung wurde Gustav Rose (1798-1873) übertragen.

Die Aufsicht über die zoologische Sammlung erhielt Johann Karl Wilhelm Illiger.

Herausgabe des "prodomus systematis Mammalium et Avium" von Johann Karl Wilhelm Illiger.

Nach Illigers Tod wurde die Leitung der zoologischen Sammlung kommissarisch Hinrich C. Lichtenstein übertragen.

Die zoologische Sammlung konnte als "Zoologisches Museum" den Studierenden und der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Die Mineraliensammlung wurde als "Mineralogisches Museum der Universität" im Hauptgebäude aufgestellt.

Hinrich C. Lichtenstein wurde nun definitiv Direktor des zoologischen Museums.

Erweiterung der Bestände des mineralogischen Museums durch Ankauf von 17 Meteoriten und der Mineraliensammlung von Martin H. Klaproth (1743-1817).

Veröffentlichung des "Verzeichnisses der Doubletten des zoologischen Museums".

Der erste Katalog, von Gustav Rose erstellt, enthielt 31 verschiedene Meteoriten.

Ernst Florens Friedrich Chladni (1756-1827) vererbte dem Museum seine 41 Meteoriten.

Umbau der Universität, das zoologische Museum erhielt den gesamten Westflügel.

Bildung einer paläontologischen Abteilung.

Die Leitung des zoologischen Museums übernahm Wilhelm Peters. Er brachte eine große Anzahl von Tieren aus einer Mozambiqueexpedition in die Sammlung ein. Nach seinem Tod blieb die Direktion des Museums einige Jahre unbesetzt.

Untergliederung des Mineralogischen Museums in drei Abteilungen: 1. Eine mineralogische Abteilung unter der Leitung von Martin Websky (1824-1886). 2. Die petrographische Abteilung und die allgemeine Geologie übernahm Justus Roth (1818-1892). 3. Die paläontologische Abteilung leitete H. E. Beyrich (1815-1896).

Die rasch anwachsenden Sammlungen machten den Bau eines geeigneten Museumsgebäudes erforderlich.

Neuer Direktor des zoologischen Museums wurde Karl Möbius, er bewirkte die Trennung in Schau- und Magazinsammlung.

Eröffnung des neuen Museumsgebäudes in der Invalidenstrasse 43, das den Namen "Museum für Naturkunde" erhielt. Es umfasste nun das: "Mineralogisch-petrographische Institut und Museum", das "Geologisch-paläontologische Institut und Museum" und das "Zoologische Institut und Museum".

Während des Zweiten Weltkriegs traten erhebliche Gebäudeschäden ein. Ein Teil der Ausstellungsstücke wurde ausgelagert und ging verloren.

Gründung des "Tierstimmenarchivs" am zoologischen Institut der Humboldt-Universität durch Günter Tembrock.

Die umfangreichen mineralogisch-petrographischen Sammlungen wurden als "Mineralogisches Museum" mit den anderen naturwissenschaftlichen Sammlungen, der zoologischen, paläontologischen, botanischen und anthropologischen zum "Museum für Naturkunde an der Humboldt-Universität" vereinigt.

Das Museum für Naturkunde wurde als Zentralinstitut der Humboldt-Universität zu einer modernen Forschungsstätte umgestaltet. Es gliedert sich seither in mehrere Bereiche: 1. Das Institut für Paläontologie. 2. Das Institut für Mineralogie. 3. Das Institut für Systematische Zoologie. 4. Die Abteilung Öffentliche Ausstellungen. 5. Die Historische Arbeitsstelle. Diese Einrichtungen verfügen jeweils über spezifische wissenschaftliche Sammlungen und vielfältige Archivalien.

Dem Museum für Naturkunde wurde das Tierstimmenarchiv angegliedert, das vom Institut für Biologie der Universität verwaltet wird.