Johannes Schmidt war als Sprachwissenschaftler ein führender Vertreter der Berliner Schule der Indogermanistik, er gilt als Begründer der "Wellentheorie" (allmählichen Ausbreitung sprachlicher Neuerungen) in der vergleichenden Sprachforschung. Publikationen u.a.: Zur Geschichte des indogermanischen Vocalismus. Erste Abteilung (1871); Die Verwandtschaftsverhältnisse der indogermanischen Sprachen (1872); Zur Geschichte des indogermanischen Vocalismus. Zweite Abteilung (1875); Die Pluralbildungen der indogermanischen Neutra (1889).