Scheffer-Boichorst publizierte u.a.: Kaiser Friedrichs I. letzter Streit mit der Kurie (1866); Annales Patherbrunnenses. Eine verlorne Quellenschrift des 12. Jahrhunderts wiederhergestellt ( 1870); Deutschland und Frankreich von 1180 bis 1214 (1868); Florentiner Studien (1874); Die Chronik des Dino Compagni (1875); Die Neuordnung der Papstwahl durch Nikolaus II. (1879); Dante- und Boccaccio-Studien (1881); Aus Dantes Verbannung (1882).