Reil war indirekt an der Gründung der Berliner Universität beteiligt: als Ratgeber Wilhelm von Humboldts, und einer der ersten Ordinarien der Charité. Er organisierte den Aufbau der medizinischen Fakultät und der medizinischen Studiengänge und reformierte den medizinischen Unterricht. Seine hirnanatomischen Arbeiten waren richtungsweisend für die weitere Entwicklung der Medizin. Zusammen mit Johann Christoph Hoffbauer (1766-1827) gab er 1808 und 1812 die "Beyträge zur Beförderung einer Kurmethode" heraus. Im ersten Band 1808 prägte Reil den Begriff der "Psychiaterie", aus dem bald Psychiatrie wurde. Des weiteren veröffentlichte er u.a.: Diätetischer Hausarzt für meine Landsleute (1785-87); Rhapsodieen über die Anwendung der psychischen Kurmethode auf Geisteszerrüttungen (1818); Entwurf einer allgemeinen Pathologie (1816)